În 1547, când a simţit că moartea îi dă târcoale, Hernando Cortés a poruncit să fie înmormântat în Mexic, în mânăstirea Coyoacan, care urma să-i onoreze amintirea. Când a murit, mânăstirea încă era doar un plan, aşa că defunctul a trebuit să se adăpostească la diverse domicilii din Sevilia.
Într-un târziu a obţinut un loc pe un vapor care să-l ducă în Mexic, unde şi-a găsit adăpost, împreună cu mama sa, în biserca San Francisco din Texcoco. De aici a trecut prin altă biserică, alături de ultimul dintre fiii săi, până când viceregele a ordonat să fie mutat în Spitalul Jesús şi să rămână acolo, păstrat într-un loc secret, la adăpost de patrioţii mexicani care îşi doreau mult să-l profaneze.
Cheia urnei a trecut din mână în mână, timp de mai mult de un secol şi jumătate, până când, nu demult, oamenii de ştiinţă au confirmat că acea dantură proastă şi acele oase marcate de sifilis sunt tot ce a mai rămas din cuceritorul Mexicului.
De sufletul lui, nu se ştie nimic. Spun unii că Cortés ar fi însărcinat să se ocupe de asta pe un păzitor de suflete din Usumacinta, un indian pe nume Tomas, care avea un depozit de suflete în care păstra, în sticluţe, sufletele care se scurgeau cu ultima răsuflare; dar asta nu s-a putut confirma.